連邦軍最新鋭戦艦「ホワイトベース」によって避難民を乗せサイド7の脱出を急ぐ中、 ジオン軍少佐シャア・アズナブルは連邦の新開発モビルスーツを確かめるべく自らサイド7に侵入した。

サイド7の生存者を捜しに来ていた妹アルテイシア（セイラ・マス）とシャアは偶然、敵同士として劇的な再会をする。
シャアはアムロの乗ったガンダムに発見され逃亡を図るが一瞬の不意を突きホワイトベースの停泊するサイド7の宇宙港に侵入。
しかしホワイトベースクルーの応戦により情報収集は失敗、撤退を余儀なくする。

ザクの急襲を受けホワイトベースを航行させる為の連邦軍クルー達はほとんど死傷していたが、サイド7の少年少女たちによってなんとかホワイトベースをサイド7から脱出させることができた。

しかし、そのホワイトベースに2機のザクが迫る。

1機は通常ザクの3倍のスピードで接近。
それは「ルウム戦役」に於いて５隻の戦艦を一人で撃破した 「赤い彗星」 と呼ばれる シャア・アズナブル であった。

ホワイトベース内に恐怖が襲いかかる。
アムロはシャアの乗ったザクを迎撃することができるのか！

第２話　ガンダム破壊命令